L’une des composantes essentielles de la stratégie du CEFOREP repose sur la production d’une information scientifique visant à améliorer les connaissances et pratiques en santé de la reproduction. Dans cette optique, l’institution mène des recherches opérationnelles et cliniques visant :
Dans le domaine de la recherche, Le CEFOREP dispose d’une grande expérience de plus de 15 ans en matière d’exécution d'études quantitatives et qualitatives (y compris la recherche opérationnelle et la recherche clinique), d'évaluations de programmes de santé, d’étude de faisabilité et d’élaboration de documents stratégiques (plans stratégiques, plans opérationnels, plans de suivi-évaluation, plans de mise en œuvre,…). L'expertise et l'expérience de son personnel et de ses consultants sont orientées vers la recherche permanente d'innovations pour l'amélioration des soins et services en santé de la reproduction. Dans ses activités le CEFOREP a embrassé les domaines relatifs à la santé des adolescents et jeunes, la santé des enfants, les soins obstétricaux d'urgence, la contraception, la santé communautaire, la mortalité maternelle, les systèmes d'information sanitaires, les mutilations génitales féminines etc.
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